понедељак, 20. мај 2019.

Arheolog genoma: Svante Pääbo




Oduvek sam zamišljala arheologe u blatu do kolena, kako iskopavaju kosti, krhotine posuda ili drevni nakit. Ali kada sam upoznala Svante Pääbo, ‘arheologa genoma’, on nije bio sav blatnjav, niti smo bili na otvorenom.
       Umesto toga, sastali smo se – sasvim odgovarajuće – u potpuno novom Unapređenom centru za obuku u Evropskoj laboratoriji za molekularnu biologiju u Hajdelbergu, Nemačka. Dizajnirana da predstavlja molekul DNK, zgrada ima dva helijačna hodnika sa kancelarijama međusobno povezanim staklenim mostovima koji predstavljaju vodonične veze. 1
       Koja je veza između DNK i arheologije? „ Na neki način moje kolege i ja radimo ono što rade i arheolozi, objašnjava profesor Pääbo. “ Iskopavanja, ali ne u staroj pećini, već u našem genomu. Proučavamo sekvence naše DNK tragajući za delićima naše istorije, da bismo, na primer, saznali odakle potičemo i u kakvoj smo vezi sa ranijim formama ljudskih bića. ”
     Kako je, pitam se, dospeo u ovu oblast istraživanja? On objašnjava da ga je rana fascinacija Egiptom, podstaknuta odmorima provedenim tamo sa majkom, navela da studira egiptologiju na Univerzitetu Upsala, Švedska (University of Uppsala). Međutim, tamo su njegovi snovi raspršeni: “Više smo učili o drevnim egipatskim oblicima reči nego što smo iskopavali mumije i piramide u Egiptu kako sam ja zamišljao.” Razočaran, odlučio je da umesto toga studira medicinu, i tada je počeo doktorske studije iz molekularne imunologije.
         Međutim, strast za Egiptom je ostala. Osamdesetih godina prošlog veka, analiza DNK skvence je bila tek početak. Naravno, mislio je Svante Pääbo, neko je morao da proba da izoluje i analizira DNK iz egipatskih mumija? “Znao sam sa svojih studija egiptologije da postoje hiljade mumija u muzejima i još stotine otkrivenih svake godine u Egiptu.
     Čini se da nije postojalo ništa u literaturi o izolovanju DNK iz njih, pa sam počeo samostalno da radim na tome.” Znajući da njegov mentor na doktorskim studijama neće to odobriti, obratio se za pomoć bivšem profesoru egiptologije i zatim je radio u laboratoriji noću i vikendima. Rezultat je bio san svakog mladog naučnika: članak u časopisu Nature (Pääbo, 1985).2
      Nakon doktorskih studija i na temelju njegovog članka u Nature, Svante Pääbo je prešao na Berkli na Kalifornijskom univerzitetu, SAD (University of California at Berkeley). Tada je počeo da shvata kako je teško izbeći kontaminaciju radeći na drevnim ljudskim uzorcima – drugim rečima, da li je DNK koju je izolovao iz mumija zaista bila DNK drevnog Egipćanina, ili je sekvencirao DNK prethodnih antropologa? On se stoga koncentrisao na izolovanje DNK iz drugih drevnih primeraka, uključujući one od izumrlog torbarskog vuka i moe – džinovske ptice neletačice.



Резултат слика за ‘Ötzi’,5000
Ötzi’


     Kada je 1990. prešao na Minhenski univerzitet u Nemačkoj (University of Munich), kako bi postao profesor sa samo 35 godina, nastavio je da radi na DNK drevnih organizama, uključujući i mamute. Pojava lančane polimerazne reakcije (PCR) omogućila je naučnicima da brzo replikuju uzorke DNK, što je olakšalo proveru na DNK kontaminaciju sprovođenjem mnogih identičnih eksperimenata i korišćenjem kontrola. To je ohrabrilo profesora Pääbo da opet počne rad na drevnoj ljudskoj DNK. Ovoga puta, on je bio deo tima koji je istraživao DNK jednog od drevnih egipatskih savremenika Evropljana: ‘Ötzi’, 5000 godina staro telo nađeno očuvano u ledu Ötztal Alpa na austrijsko-italijanskoj granici 1991. godine.
     Inspirisan uspehom istraživanja koje je pokazalo da je Ötzina mitohondrijalna DNK (vidi dijagram dole) bila veoma slična istoj kod savremenih centralno- i severnoevropskih populacija (Handt et al., 1994), Svante Pääbo je otišao još dalje natrag kroz vreme– oko 38 000 godina u prošlost. Želeo je da iskoristi DNK analizu da istraži ljudsko poreklo.


       Ceo set genetičkih informacija sadržan u ćeliji poznat je kao genom. Kod ljudi, genom se sastoji od 23 para hromozoma u jedru (jedarni genom), kao i od malog hromozoma smeštenog u ćelijskim mitohondrijama (mitohondrijalni genom). Ovi hromozomi, uzeti zajedno, sadrže oko 3.1 milijardi (3,1x109) baza u DNK sekvenci.
    Jedarna DNK se nasleđuje od oba roditelja: svaki roditelj donira jedan hromozom svakom paru, tako da potomci dobijaju polovinu svojih hromozoma od majke i polovinu od oca. Nasuprot tome, mitohondrije, pa stoga i mitohondrijalna DNK, prenose se sa majke na potomstvo

           Jedno od velikih saznanja u ovoj oblasti u proteklih 20 godina je da su savremeni ljudi relativno nedavno došli iz Afrike,” objašnjava professor Pääbo. Iako mnogo manje ljudi živi u Africi nego izvan Afrike, ukoliko pogledamo varijacije u DNK sekvencama, uviđamo da većina varijacija postoji u Africi, a sve izvan Afrike je podtip te varijacije. Ispostavlja se da je tokom proteklih 100 000 godina grupa Afrikanaca napustila Afriku i kolonizovala ostatak sveta. Tako da ja volim da kažem kako smo svi mi Afrikanci sa tačke gledišta molekularne genomike; bez obzira da li živimo u Africi ili smo nedavno prognani.”
     Ali savremeni ljudi, Homo sapiens, nisu bili jedini koji su postojali u to vreme. Naši rođaci su lutali Evropom i zapadnom Azijom (Bliski i Srednji istok) još pre oko 300 000 do 30 000 godina: Neandertalci, H. neanderthalensis. Od otkrića nekih ljudskih kostiju čudnog izgleda u Neandertalskoj dolini blizu Dizeldorfa 1856. godine u Nemačkoj, kontroverza je harala nad sudbinom Neandertalaca.Da li su savremeni ljudi kada su migrirali iz Afrike u Evropu ubili Neandertalce? Proterali ih? Ili su se ukrštali sa njima? Kada mi Evropljani pogledamo sliku Neandertalca, da li gledamo u jednog od naših dalekih predaka? Svante Pääbo i njegove kolege rešili su da saznaju, poredeći DNK izolovanu iz kostiju 38 000 godina starog neandertalskog primerka sa DNK iz različitih populacija savremenih ljudi.

     Rezultati su bili fascinantni: neafrički savremeni ljudi poseduju neke DNK sekvence koje su slične neandertalskim, ali koje nisu pronađene i kod Afrikanaca. Zapravo, podaci naučnika sugerišu da između 1 i 4 % genoma neafrikanaca potiče od Neandertalaca (Noonan et al., 2006).
      “Najjednostavije objašnjenje je to da su savremeni ljudi, kada su prvi put napustili Afriku, prošli kroz Srednji Istok i onda nastavili i kolonizovali ostatak sveta. Na Srednjem Istoku su se savremeni ljudi ukrštali sa Neandertalcima i njihovi potomci preneli neandertalske DNK sekvence – u Australiju ili Papuu Novu Gvineju, ili Ameriku,” objašnjava profesor Pääbo. Samo su afričke populacije bile nepromenjene (vidi dijagram ispod).


Svante Pääbo veruje da su savremeni ljudi kada su prvi put napustili Afriku prošli kroz Srednji Istok, ukrštali se sa Neandertalcima i potom kolonizovali ostatak sveta, prenoseći neandertalske DNK sekvence
Slika dobijena od Nicola Graf


“Ono što je meni fascinantno je to da sa analizom DNK sekvence možemo odgovoriti na pitanja koja ne možemo odgonetnuti posmatrajući skelete prvih ljudi ili kamenih alatki koje su oni ostavili za sobom.”
      Od 1997., veran svojoj ranoj fascinaciji ljudskim poreklom, profesor Pääbo je direktor Instituta za evolucionu antropologiju Maks Plank u Lajpcigu, Nemačka (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology)
    Tamo istraživači iz prirodnih i društvenih nauka istražuju istoriju ljudske vrste poredeći gene, kulture, kognitivne sposobnosti, jezike i socijalne sisteme prošlih i sadašnjih ljudskih populacija, kao i primate u bliskoj vezi sa ljudskim bićima.

     Kako, pitam ga, sprovodi svoje istraživanje? “ Moj rad je u laboratoriji, ali mi sarađujemo sa ljudima koji iskopavaju kosti ili sa kustosima muzeja koji dobijaju te kosti. I sve je naglašenije da je, zato što možemo posmatrati ne samo male delove DNK već i cele genome, veoma važno analizirati podatke pomoću kompjutera.” Svante Pääbo, aktivni istraživač u laboratoriji, smatra da je ovo ponekad frustrirajuće. “Nisam baš upućen u sve detalje iz bioinformatike, tako da sam u rukama onih ljudi koji znaju. Sada kada obučavamo naše studente, trudimo se da nauče obe strane: mladi naučnici koji pre svega rade sa računarima treba da provedu neko vreme u laboratoriji kako bi razumeli šta se dešava, i obrnuto. ”


Dr.Eleanor Hayes

je  studirala zoologiju na Univerzitetu u Oksfordu, Ujedinjeno Kraljevstvo (University of Oxford), i doktorirala ekologiju insekata. Potom je neko vreme provela radeći u upravi univerziteta pre prelaska u Nemačku i u naučno izdavaštvo, u početku za bioinformatičku kompaniju i zatim za učeno društvo. 2005. godine prešla je u Evropsku laboratoriju za molekularnu biologiju 



museum

South Tyrol Museum of Archaeology in Bolzano, Italy 


____________________________

1.  – Za virtuelni obilazak nove zgrade u Evropskoj laboratoriji za molekularnu biologiju (EMBL), Evropske vodeće (najznačajnije) laboratorije za osnovna istraživanja u molekularnoj biologiji u Hajdelbergu, Nemačka, posetite: www.embl.de/ 

EMBL je članica EIROforuma.

Jedna od najuzbudljivijih upotreba veoma jakih X-zraka stvorenih u Evropskom postrojenju za sinhrotronsko zračenje (ESRF) je neinvazivno proučavanje fosila. Fosilni zubi posebno sadrže suštinsku informaciju jer se mogu koristiti za određivanje tačnog uzrasta mladih jedinki u trenutku smrti: brojanjem dnevnog prirasta linija u zubnoj gleđi.

Izvanredan nalaz novijih studija je da su Neandertalci odrastali znatno brže od savremenih ljudi, H. sapiens, uključujući i neke od najranijih grupa koje su živele u Africi pre 90-100 000 godina. Izgleda da je obrazac pronađen kod Neandertalaca, H. neanderthalensis, posrednik između onog pronađenog kod prvih članova roda (npr. H. erectus) i savremenih ljudi (H. sapiens). Ovo sugeriše da su spor razvoj i dugo detinjstvo karakteristike H. sapiens i da je rod Homo prešao sa primitivnog stanja ‘živi brzo i reprodukuj se mlad’ na strategiju ‘rasti sporo i uči od svojih roditelja’, koja je pomogla savremenim ljudima da dostignu svoj trenutni položaj na našoj planeti

2. Noonan JP et al. (2006) Sequencing and analysis of Neanderthal genomic DNA. Science 314(5802): 1113-1118. doi: 10.1126/science.1131412

izvor 

1 коментар:

  1. Анониман20. мај 2019. 21:44

    Nije sve relevatno zapisano samo u hromozomima! Evidentno je da pplođeno jaje ima 46 hromozoma nasleđena od oba roditelja i jedino se gen. inžinjeringom može uneti promena - na starim genima ili unošenjem nove genetičke informacije. Pored aktivnog gena (nosioca informacije nasleđa) postoji banka "nemih" gena koji sadrže šifrovane poruke namenjene budućnosti. Oni se aktiviraju u izmenjenim okolnostima. Nove kodovane poruke menjaju prirodu organizma, kreiraju nove osobine postojećih organa ili stvaraju nove organe. Nemi geni su postojali oduvek, DNK-a prvih ljudi imali su daleko više informacija nego što je to bilo potrebno. To baca novo svetlo na evoluciju i dublji poredak i razvoj svemira.
    pedja

    ОдговориИзбриши